故事讲述平凡的大学生雨宫夕日，某日一只会说话的蜥蜴宣告他被选为拯救世界的骑士。正当夕日对此半信半疑时受到敌人的袭击，并被他应守护的公主朝日奈五月雨拯救，没想到公主却是企图征服世界的魔王。夕日受到五月雨的气概与强大吸引，而成为她忠实的骑士。

本片讲述利用能检测出人们杀意的装置以及利用思想粒子做出的“井”，来探知事件真相的科幻故事

世界的崩溃开始了。暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、用强大的力量进化成了秩序兽。根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、并尝试施行干涉现实世界的最终计划。为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」绝望的迪路兽向大家说到。孩子们做出最后决定的时候到了。被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？现在，冒险将再一次进化。

源间色枝（狩野茉莉 配音）拥有着一副萝莉般的矮小身材，却意外的在槌球和将棋方面有着出色的天赋。个性活泼的她喜欢开玩笑，为了捉弄人，她也是蛮拼的。冈本（内山夕实 配音）留着蘑菇头，因此被源间嘲笑为“河童”，平日里温文尔雅的她，被惹恼后便会化身为可怖的修罗，除此之外，她的“战斗力”亦十分可观。酒巻真希菜（井上麻里奈 配音）个性温和，虽然常常被取笑，但却并不会真正生气。以上三人均为模型社的社员，可是，除了真希菜外，似乎并没有人真正对模型有什么兴趣。三个古灵精怪的女孩，以及她们的模型社，充满了欢笑和刺激的日常在这里展开。

宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。連邦の進軍を足止めせんとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟るのだった。ふたりは、殺し合う宿命なのだと……。